Instâncias de deliberação e orgãos de apoio

O Congresso e a Plenária Nacional são os órgãos máximos de deliberação da Central. O Congresso Nacional é realizado a cada três anos.
A Direção Nacional é composta pela Executiva Nacional e mais os membros efetivos representando as estaduais da CUT e a Estrutura Vertical, escolhidos conforme o estatuto da Central.

Para cumprir eficazmente os seus objetivos e as deliberações, a CUT tem uma estrutura interna complexa com funções vinculadas a Administração, Comunicação, Formação, Políticas Sociais, Política Sindical, Mulher Trabalhadora, Relações Internacionais e Organização. Conta ainda com comissões sobre a Amazônia, Meio Ambiente e Combate a Discriminação Racial.

Os organismos para o desenvolvimento de políticas específicas e assessoria são a Agência de Desenvolvimento Solidário (ADS), o Observatório Social, o Instituto Nacional de Saúde no Trabalho (INST) e o Departamento de Estudos Sócio-Econômicos e Políticos (DESEP). Tem ainda sete escolas sindicais: Escola Sul (Florianópolis-SC), Escola São Paulo, Escola 7 de Outubro (Belo Horizonte- MG), Escola Amazônia (Belém-PA), Escola Chico Mendes (Porto Velho-RO), Escola Centro-Oeste (Goiânia-GO) e Escola Marise Paiva de Moraes (Recife-PE).